分子模拟中使用细胞分解和数据排序方法改进的邻居列表算法
摘要：改进的邻居列表算法用于减少分子模拟中不必要的原子间距离计算。它通过使用细胞分解方法来加速邻居列表的构建速度，使用数据排序方法降低CPU数据缓存的错误率，以及使用部分更新方法来最小化不必要的邻居列表重构，结合了Verlet表和细胞链接列表算法的优点。我们使用该算法评估了分子动力学模拟的串行和并行性能，并将其与传统的Verlet表和细胞链接列表算法进行了比较。结果表明，在原子数量较少和较多的情况下，新算法的性能优于传统算法2~3倍。
作者：Zhenhua Yao, Jian-Sheng Wang, Gui-Rong Liu, Min Cheng
论文ID：physics/0311055
分类：Computational Physics
分类简称：physics.comp-ph
提交时间：2009-11-10