α-螺旋蛋白中的双振子束缚态：分子内非谐性与强振子-声子耦合之间的相互作用
摘要：蛋白质alpha螺旋中分子内非谐波性和强烈的振元-声子耦合对两个振元动力学的影响在改进的Davydov模型中进行了研究。考虑了每个酰胺-I振动的分子内非谐波性，并根据小极化子方法描述了振元动力学。进行了一个幺正变换以消除分子内非谐波性，并应用了改进的Lang-Firsov变换以对振元-声子相互作用进行重整化。然后，实现了均场程序以得到着装非谐波性振元哈密顿量。结果表明，非谐波性修正了振元-声子相互作用，从而增强了着装效应。此外，非谐波性和着装都有利于出现两种不同的束缚态，其性质强烈依赖于非谐波性和着装之间的相互作用。这种依赖关系总结在一个相图中，该相图以问题的相关参数的函数形式描述了束缚态的数量和性质。对于显著的非谐波性，低频束缚态描述了两个振元困在同一酰胺-I振动上，而高频束缚态指的是两个振元被困在相邻的酰胺-I振动上。
作者：Vincent Pouthier
论文ID：physics/0306044
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2009-11-10