结构对齐的一种新方法
摘要：一种新颖的结构对齐方法被提出，其关键要素是：（1）以二进制（Potts）分配变量和实值原子坐标的错误函数公式化问题。（2）通过迭代方法最小化错误函数，在每次迭代中使用均场方法处理分配变量，并对原子坐标进行精确的旋转/平移，以相应的分配变量加权。该方法允许对所有可能的对齐进行广泛搜索，包括涉及任意排列的对齐。该算法使用蛋白质数据银行（Protein Data Bank，PDB）中的C_alpha表示法进行实现，并在不同的蛋白质结构类别上进行了探索，并与其他算法进行了成功比较。该方法在CPU消耗较低的情况下性能表现良好，并且在参数选择方面具有鲁棒性。它非常通用和灵活，并且可以轻松处理额外的用户预设约束。此外，该方法还允许对结果进行概率解释。
作者：M. Ohlsson, C. Peterson, M. Ringner and R. Blankenbecler
论文ID：physics/0006045
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2007-05-23