参数化难度的模体搜索问题
摘要：最接近的子串问题在生物序列分析领域是一个非常重要的问题之一，我们展示了当输入字符串的数量k作为参数进行参数化时（即使在二进制字母表上），最接近的子串问题是W[1]-hard的。因此，该问题不可能以O(f(k)cdot n^{c})的时间复杂度来解决，其中f是k的函数，c是独立于k的常数。在任何实际意义上，对于k>=3，该问题被认为是难以解决的。我们的结果支持了最接近的子串问题在计算上要比最接近的字符串问题更难，尽管这两个问题都是NP-complete问题。在字母表大小无限的情况下，我们还证明了其他参数化形式的W[1]-hardness。我们的最接近的子串问题的W[1]-hardness结果推广到了共识模式问题，这是在计算生物学中具有类似重要性的问题。
作者：Michael R. Fellows, Jens Gramm and Rolf Niedermeier
论文ID：cs/0205056
分类：Computational Complexity
分类简称：cs.CC
提交时间：2007-05-23