在近乎线性时间内通过反转对有符号排列进行排序
摘要：用最少的反转次数对一个有符号的$n$个元素的排列进行排序的问题是一个基本的算法问题，其动机来自于比较基因组学中的应用，因为它能够准确地模拟小基因组中的重新排列。第一个多项式时间算法是在Hannenhalli和Pevzner的开创性工作中给出的[J. ACM'99]。他们的方法后来被Kaplan、Shamir和Tarjan简化并简化[SIAM J. Comput.'99]，他们的框架最终导致了由Tannier、Bergeron和Sagot给出的一个在$mathcal{O}(n^{3/2}sqrt{log n})$时间内运行的算法[Discr. Appl. Math.'07]。然而，找到一个接近线性时间的算法的挑战仍未解决。在本文中，我们展示了如何利用动态图连通性的结果来获得一个令人惊讶地简单的$mathcal{O}(n log^2 n / log log n)$时间算法来解决这个问题。
作者：Bart{l}omiej Dudek and Pawe{l} Gawrychowski and Tatiana Starikovskaya
论文ID：2308.15928
分类：Data Structures and Algorithms
分类简称：cs.DS
提交时间：2023-08-31