TraitLab：用于拟合和模拟二叉树状数据的Matlab工具包
摘要：TraitLab是一个软件包，用于在随机Dollo进化模型下模拟、拟合和分析树状二进制数据。模型还通过灾难允许速率异质性，灾难是指许多特征同时丧失而新的特征出现的进化事件，以及借用，即特征在物种之间以及通过祖先关系传递。该软件包的核心是一种马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)采样算法，使用户能够从给定数据集的树拓扑、克拉德和根龄以及特征丧失、灾难和借用率的贝叶斯联合后验分布中采样。数据可以根据拟合的Dollo模型或根据一些允许特征丧失速率的异质性、数据收集过程中的偏差以及特征在谱系之间的借用的广义模型进行模拟。耦合的马尔可夫链对可以用于诊断MCMC的混合和收敛性，并去偏差MCMC的估计量。原始数据、MCMC运行输出和模型拟合可以使用软件包内提供的一些有用的图形和分析工具进行检查，或导入其他流行的分析程序。TraitLab是免费提供的，并在Matlab计算环境中运行，不需要其他额外的工具包。
作者：Luke J. Kelly, Geoff K. Nicholls, Robin J. Ryder, David Welch
论文ID：2308.09060
分类：Computation
分类简称：stat.CO
提交时间：2023-08-21