多样配体的结合自由能预测中，翻译：性能和分析的炼金转移方法
摘要：用至今未知的蛋白质小分子复合物的相对结合自由能（RBFE）验证了炼金术转移方法（ATM）。我们使用了一种简化的设置流程、定制的力场和AToM-OpenMM软件来计算Schindler和Merck KGaA合作者准备的基准集合的相对结合自由能（RBFE）。这个基准集合包括标准小R群配体修饰的例子，以及更具挑战性的情况，如大R群变化，支架跳跃，形式电荷变化和电荷转移变换。ATM的新颖坐标扰动方案和双拓扑方法解决了单拓扑炼金术相对结合自由能方法的一些挑战。具体来说，ATM消除了分离静电和Lennard-Jones相互作用、原子映射、定义配体区域以及对电荷变化扰动的后修正的需要。因此，相比传统的炼金术方法，ATM更简单、更广泛适用，特别适用于支架跳跃和电荷变化转换。在这里，我们为八个蛋白质靶点进行了超过500次相对结合自由能计算，并发现ATM的精度与现有的最先进方法相当，尽管统计波动较大。我们讨论了ATM方法的特定优点和缺点的见解，这将为未来的应用提供指导。这项研究证实，ATM可作为一个在统一的开源框架中适用于不同类型扰动的相对结合自由能（RBFE）预测的生产工具。
作者：Lieyang Chen, Yujie Wu, Chuanjie Wu, Ana Silveira, Woody Sherman, Huafeng Xu, Emilio Gallicchio
论文ID：2308.08671
分类：Chemical Physics
分类简称：physics.chem-ph
提交时间：2023-08-21