基准测试生成的姿态：基于生成模型的结构化药物设计有多合理？
摘要：基于结构的药物设计（SBDD）的深度生成模型，在分子生成时以3D蛋白质陷阱为条件，近年来受到了相当大的关注。这些方法承诺通过明确建模潜在药物与蛋白质受体之间的3D相互作用，提供更高质量的分子生成。然而，过去的研究主要关注所产生的分子的质量本身，对这些方法产生的3D分子姿态的评价有限，大部分工作只是简单地舍弃所产生的姿态，并在使用传统方法进行重新对接后报告“校正”的姿态。我们对多个最先进的方法进行了详尽的PoseCheck分析，发现生成的分子与基线相比存在更多物理违规和更少的关键相互作用，这对于提供丰富的3D结构信息能否改善分子的互补性的含蓄假设提出了质疑。我们对未来研究提出了针对已鉴定的故障模式的建议，并希望我们的基准测试能够成为未来SBDD生成建模工作产生实际影响的跳板。
作者：Charles Harris, Kieran Didi, Arian R. Jamasb, Chaitanya K. Joshi, Simon V. Mathis, Pietro Lio, Tom Blundell
论文ID：2308.07413
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2023-08-16