PLANTAIN：基于扩散启发的姿态评分最小化方法用于快速和准确的分子对接
摘要：分子对接旨在预测蛋白结合位点中小分子的三维姿态。传统的对接方法通过最小化受物理启发的评分函数来预测配体的姿态。最近提出了一种扩散模型，它通过迭代地改进配体的姿态。我们通过以扩散为灵感的方式训练姿态评分函数来结合这两种方法。在我们的方法中，我们使用神经网络开发了一个非常快速的姿态评分函数PLANTAIN。我们实时参数化一个简单的评分函数，并使用L-BFGS最小化来优化最初的随机配体姿态。通过严格的基准测试实践，我们证明我们的方法达到了与最佳方法相当的性能，同时运行速度比下一个最好的方法快十倍。我们公开发布PLANTAIN，并希望它能提高虚拟筛选工作流的效益。
作者：Michael Brocidiacono, Konstantin I. Popov, David Ryan Koes, Alexander Tropsha
论文ID：2307.12090
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2023-07-27