以pH为函数的转变速率的高效估计
摘要：提取一个系统的动力学特性，其动力学取决于与其交换能量和原子的环境的pH值，需要采样Grand Canonical Ensemble（巨正则系综）。作为替代方案，我们提出了一种新的策略，只需模拟组成Grand Canonical Ensemble的最常见的Canonical Ensembles（正则系综）。通过重新加权来使用模拟来估计特定pH值的巨正则分布，并通过对Fokker-Planck方程进行离散化的平方根近似和稳健的Perron Cluster Cluster Analysis来构建过渡速率矩阵。作为应用，我们研究了三肽Ala-Asp-Ala。
作者：Luca Donati and Marcus Weber
论文ID：2307.04439
分类：Chemical Physics
分类简称：physics.chem-ph
提交时间：2023-07-11