从基因组学和宏基因组数据中推断微生物与其环境的相互作用
摘要：利用基因组规模建模技术来研究微生物群落的动态过程，以更好地理解微生物群落的动态过程，我们提供了一种工具来研究微生物与环境代谢物之间的相互作用网络。使用我们先前开发的基因组规模代谢模型（GSM）模拟微生物群落的算法，我们推断了特定环境中微生物群落中微生物-代谢物的相互作用集合。因为这些相互作用取决于可用的环境代谢物，我们将推测的网络称为“代谢上下文化”，因此我们将我们的工具命名为MetConSIN：代谢上下文化物种相互作用网络。
作者：James D. Brunner and Laverne A. Gallegos-Graves and Marie E. Kroeger
论文ID：2307.02624
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2023-07-07