单细胞表达分析的物种、基因和细胞树的统一
摘要：通过比较物种之间的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据可以揭示细胞基因表达与细胞功能、特征和表型进化之间的联系。这些比较涉及到以系统树为基础的进化历史，定义了物种、基因和细胞之间的关系。在这里，我们介绍了一种基于系统树的框架，用于比较scRNA-seq数据，并将此框架与现有方法进行对比。我们描述了如何使用系统树来识别同源的、可比较的基因和细胞组，基于它们与共同祖先中的基因和细胞的预测关系。我们提倡将数据映射到系统树的分支上，以验证关于细胞基因表达进化的假设。我们描述了可以进行比较的数据类型，以及每种比较可能解决的问题类型。最后，我们将物种系统树、基因系统树、细胞系统树和细胞谱系定位为同一概念的不同表示形式：细胞生命树。通过将系统树方法整合到scRNA-seq分析中，我们可以克服跨物种建立知情比较的挑战，并对基因和细胞进化的假设进行可靠的检验。
作者：Samuel H. Church, Jasmine L. Mah, Casey W. Dunn
论文ID：2307.02561
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2023-07-07