结构对齐
摘要：结构生物信息学是蛋白质结构、分子模拟、热力学和生物信息学方法结合的领域。本书旨在介绍结构生物信息学的基础知识，探索通过计算分析来研究三维蛋白质结构。我们提供现有计算技术的综述，包括验证、模拟、预测和分析蛋白质结构的方法。更重要的是，本书力求提供关于何时以及如何使用这些技术的实用知识。我们将从三个主要角度考虑蛋白质：蛋白质结构的定量化、蛋白质结构的预测，以及蛋白质的模拟与动力学。蛋白质数据银行（Protein DataBank，PDB）包含了丰富的结构信息。为了研究数据库中不同蛋白质之间的相似性，可以通过配对比对来比较其主要序列，并计算两个序列之间的相似性。如果要比较的蛋白质是近源同源物，那么这种策略将非常有效。然而，在本章中，我们将解释通过结构比对进行结构比较将提供更有价值的信息，可以揭示单纯通过比较序列无法发现的蛋白质之间的相似性。
作者：Olga Ivanova, Jose Gavald''a-Garci''a, Dea Gogishvili, Isabel Houtkamp, Robbin Bouwmeester, K. Anton Feenstra, Sanne Abeln
论文ID：2307.02170
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2023-07-10