结合生物信息学方法对结肠癌和溃疡性结肠炎中低表达的预后生物标志物和关键信号通路进行比较研究
摘要：溃疡性结肠炎是大肠癌的危险因素之一。在大肠炎和结肠癌中检测到的下调生物标志物和分子机制可以引导溃疡性结肠炎相关癌症的有效管理。从基因表达杂志(Gene Expression Omnibus, GEO)数据库中下载了两个mRNA表达数据集(GSE87473和GSE44076)。使用GEO2R筛选广泛性溃疡性结肠炎样本和健康样本、有限性溃疡性结肠炎样本和健康样本以及结肠癌样本和健康样本之间的差异表达基因(DEGs)。在广泛性溃疡性结肠炎、有限性溃疡性结肠炎和结肠癌组中，分别检测到95、69和635个下调基因，其调整后的p值<0.05且log(2)倍变化率< -2。使用Cytoscape软件，筛选出在结肠癌中具有度数大于15的基因，包括CLCA1、SLC26A3、SI、KIT、HPGDS、NR1H4、ADIPOQ、PPARGC1A、GCG、MS4A12、GUCA2A和FABP1，作为结肠癌中的核心下调基因。在广泛性溃疡性结肠炎中，鉴定出具有度数大于5的基因，包括ABCB1、ABCG2、UGT1A6、CYP2B6和AQP8，作为核心基因。此外，在有限性溃疡性结肠炎中，检测到度数大于5的基因，包括NR1H4、CYP2B6、ABCB1、ABCG2、UGT2A3和PLA2G12B，作为核心基因。根据纳入标准和Venn图，下调基因NR1H4是有限性溃疡性结肠炎和结肠癌中的共同基因。本次体外研究表明，CLCA1、PPARGC1A和AQP8基因的下调可能增加癌细胞的侵袭和转移能力。
作者：Sedigheh Behrouzifar
论文ID：2307.00295
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2023-07-04