利用植物系统发生学树的热带多面体来填补植物系统发生学树的空缺
摘要：使用基因组数据应用比较系统发育分析时，已知某些物种（或分类单元）常常缺失基因是一个众所周知的问题和挑战。在这种情况下，我们必须从基因树的样本中填补缺失的部分。在本文中，我们提出了一种在热带几何设置中类似经典线性回归的方法来推断系统发育树的缺失部分。在我们的方法中，我们考虑了一个热带多胞体，即最接近数据点的热带度量的凸包。我们展示了一个条件，可以保证从我们的方法中估计得到的树与真实树之间的罗宾逊-福尔兹（Robinson-Foulds，RF）距离最多为四，并通过使用模拟数据进行的计算实验表明了我们的方法的良好表现。
作者：Ruriko Yoshida
论文ID：2306.17566
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2023-07-06