基于系统生物学方法的存活分析，探索NASH、肝硬化和HCC中的新型预后生物标志物和生物过程
摘要：探索NASH进展到肝硬化和肝细胞癌的关键生物标志物和相关生物过程以改善治疗干预措施是必要的。根据整体生存率鉴定关键生物标志物并探索NASH向肝硬化和肝细胞癌的发生和进展所涉及的生物学过程是必要的。通过GPL13667平台从基因表达数据库(GEO)下载了微阵列数据集。差异表达基因(DEGs)的纳入标准包括调整后的p值<0.05和log(2)倍数变化>1。第一步，使用STRING在线数据库构建了NASH、肝硬化和肝细胞癌三组中差异表达基因的蛋白质相互作用(PPI)网络。第二步，将每组的DEGs分别导入到Cytoscape软件中，选择Degree >3的基因。第三步，将Degree >3的基因导入到Gephi软件(0.9.2版本)，选择betweenness centrality >0的基因。绘制了NASH、肝硬化和肝细胞癌组的维恩图。根据维恩图，96个(NASH)、30个(肝硬化)和213个(肝细胞癌)基因被特异性上调(根据纳入标准)。在特异性基因中，有22个(NASH)、5个(肝硬化)和82个(肝细胞癌)基因的整体生存率较差。三个组(NASH、肝硬化和肝细胞癌)之间的重叠包含4个上调基因HLA-F、HLA-DPA1、TPM1和YWHAZ。其中，只有YWHAZ基因的整体生存率较差。本研究基于整体生存率和使用计算分析在NASH、肝硬化和肝细胞癌中检测到了新的候选基因和关键生物过程。因此，有必要进行体外和体内研究来验证结果。
作者：Sedigheh Behrouzifar
论文ID：2306.16184
分类：Molecular Networks
分类简称：q-bio.MN
提交时间：2023-06-29