面向基因组学工作负载的RISC-V架构的挑战与机遇
摘要：使用大规模超级计算架构是科学计算大数据应用的硬性要求。一个例子是基因组学分析，每位患者需要进行数百万次数据转换和测试，以找到相关的临床指标。因此，为了确保对高性能技术的开放和广泛访问，政府和学术界正在推动引入新的计算架构到大规模科学环境中。这就是RISC-V的情况，它是一种开源且免版税的指令集架构。为了评估这种技术，我们在这里介绍了变体交互分析用例基准套件和数据集。通过这个用例，我们使用计算和统计方法寻找可能的基因间互作，为ETL（提取、转换、加载）数据处理提供了一个代表性案例。目前的实现是在基于x86的超级计算机中实现的（例如巴塞罗那超级计算中心（BSC）的MareNostrum-IV），未来的步骤将在下一代MareNostrum中引入RISC-V。在这里，我们描述了变体交互用例，强调了利用高性能计算的特点，指出了在实际硬件实现上x86和RISC-V体系结构之间的第一次比较中可能存在的问题和挑战，以及来自此比较的RISC-V开发和设计的未来步骤。
作者：Gonzalo Gomez-Sanchez, Aaron Call, Xavier Teruel, Lorena Alonso, Ignasi Moran, Miguel Angel Perez, David Torrents, Josep Ll. Berral
论文ID：2306.15562
分类：Distributed, Parallel, and Cluster Computing
分类简称：cs.DC
提交时间：2023-06-28