极化率在调节分子阳离子和阴离子之间的相互作用中发挥决定性作用
摘要：蛋白质之间的静电相互作用不仅取决于离子电荷，还取决于它们的化学成分。本研究探讨了不同单价分子离子对蛋白质-蛋白质和蛋白质-配体相互作用的结合强度存在的未完全理解的差异。模拟了具有残基氨基酸侧链阳离子模拟物以及具有阳离子交换（CEX）配体和酸性氨基酸的阴离子模拟物。非极化模型捕获了与阳离子相关的实验观察到的结合趋势，但未能捕获到与阴离子相关的趋势。极化模型对于捕捉实验建议的阳离子和阴离子相关趋势起决定性作用。关键是，与非极化模型相比，极化性会改变离子对结合的自由能表面，从而改变构象采样本身。针对电子极化性的有效连续修正也可以捕获实验建议的趋势，但会牺牲对基础自由能表面的准确性。
作者：Chase E. Herman and Arjun Valiya Parambathu and D. N. Asthagiri and Abraham M. Lenhoff
论文ID：2306.03851
分类：Chemical Physics
分类简称：physics.chem-ph
提交时间：2023-08-15