使用AI规则和动态种子的新序列比对算法
摘要：DNA 序列比对在找到基因突变、进化相似性、蛋白质结构、药物开发和癌症治疗等方面非常重要。Covid-19 就是最近的一个例子。过去几十年开发了许多测序算法，但使用专家系统进行序列比对仍然很新颖。初始时使用了动态规划来找到 DNA 序列比对，随后快速算法使用了固定大小的小 DNA 序列长度来找到相似区域，然后使用这些区域构建最终比对结果。这些系统虽然速度快，但不够敏感。为了提高敏感度，我们提出了一种新的算法，该算法基于两个序列之间的最大匹配，找到它们之间的种子，并使用规则来找到更多不同长度的种子，然后使用一种新的拼接算法和加权种子来解决问题。
作者：Suchindra and Preetam Nagaraj
论文ID：2305.19276
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2023-06-01