不同组织中的基因共同表达网络
摘要：使用GTEx联盟提供的组织特异性基因表达数据，比较组织之间的基因共表达模式引起了兴趣。一个有希望的方法是使用多层网络分析框架，并进行多层社区发现。基因共表达网络中的社区揭示了在个体中类似表达的基因社区，这些基因社区可能参与了对特定环境刺激的相关生物过程或共享共同的调控变异。我们构建了一个多层网络，其中每一层都是一个组织特异性的基因共表达网络。我们使用相关矩阵输入和适当的零模型开发了多层社区发现的方法。我们的相关矩阵输入方法识别出在多个组织中具有相似共表达的基因组（跨多个层的社区，称为普适社区）和仅在一个组织中共表达的基因组（主要位于一个层内的社区，称为专业社区）。此外，我们还发现基因共表达社区中基因在基因组中的物理聚类显著超出了随机机会。这种聚类暗示了决定个体和细胞类型之间相似表达模式的潜在调控元素。结果表明，我们针对相关矩阵输入的多层社区发现方法提取了生物学上有趣的基因社区。
作者：Madison Russell, Marie Saitou, Omer Gokcumen, Naoki Masuda
论文ID：2305.12963
分类：Molecular Networks
分类简称：q-bio.MN
提交时间：2023-05-23