跨WHO脑胶质瘤分类推断诊断和预后基因表达特征：一种基于网络的方法
摘要：识别肿瘤异质性是设计有效和靶向治疗的挑战。胶质瘤类型的识别依赖于特定的分子和组织学特征，这些特征由官方世界卫生组织（WHO）中枢神经系统分类定义。这些指南不断更新以支持诊断过程，从而影响所有后续的临床决策。在这种背景下，寻找每种胶质瘤类型特有的新潜在诊断和预测靶点对支持新疗法的开发至关重要。基于根据2016年和2021年WHO指南更新的TCGA胶质瘤RNA测序数据集，我们提出了一个两步变量选择方法来进行生物标志物发现。我们的框架包括图形套索算法来估计携带诊断信息的基因稀疏网络。然后，这些网络被用作正则化Cox生存回归模型的输入，从而能够鉴定具有预后价值的更小的基因子集。在每个步骤中，讨论和比较了根据2016年和2021年分类得出的结果。对于两种WHO胶质瘤分类，我们的分析鉴定出潜在的特有于每种胶质瘤类型的生物标志物。然而，对于2021年WHO中枢神经系统分类，我们获得了更好的结果，从而支持包括分子数据在胶质瘤分类中的最新努力。
作者：Roberta Coletti, M''onica L. Mendonc{c}a, Susana Vinga, Marta B. Lopes
论文ID：2305.12207
分类：Applications
分类简称：stat.AP
提交时间：2023-05-23