多项式时间参数优化
摘要：预测RNA二级结构在生物学中起着至关重要的作用，可以确定其物理和化学性质。虽然我们有强大的能量模型来预测它们，以及用于理解模型本身的参数分析方法，但涉及的参数数量庞大，使得探索参数空间和有效调优变得非常复杂。文献描述了一种通过所谓的RNA多面体的方法，并尝试完全计算它们，但明确计算多面体在实践和理论上都是难以处理的。在这篇论文中，我们演示了如何进一步修改用于RNA二级结构预测的动态规划算法，并且在不明确构建多面体的情况下，只使用支持函数来收集一些有关多面体的信息。我们提供了数学框架，并在必要时提供证明或草图，同时进行了一些数值实验证明我们提出的方法在参数数量较大的情况下是实用的。事实证明，我们的一种方法为计算几何中的另一个尚未解决的问题提供了解决方案，我们希望本论文能够促进RNA领域的未来研究，并激发对多面体支持函数在计算几何中的潜在应用的进一步研究。
作者：Doan Dai Nguyen
论文ID：2304.14962
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2023-05-01