在细菌中体外构建和体内应用的合成小型调控RNA的体外设计
摘要：合成小的调控RNA(sRNAs)是在细菌中进行转录后调节的短非编码RNA。sRNAs最近已经引起了人们的关注，例如作为基础和应用科学中的工具，用于微调基因电路或生物技术过程。尽管sRNAs通常具有相对简单和模块化的结构，但设计功能性合成sRNAs并不一定是简单的。本协议概述了如何使用计算预测和合成生物学方法来设计、构建和验证合成sRNA在细菌中的功能。计算工具SEEDling能够将最佳seed区域与用户选择的sRNA脚本进行匹配，以抑制目标mRNA。合成的sRNA使用Golden Gate克隆方法进行组装，并随后验证其功能。该协议以Escherichia coli中的acrA mRNA作为示例验证性概念目标。由于AcrA是多药泵的一部分，acrA的抑制可以通过评估苯唑西林敏感性来检测。然而，如果目标抑制不会导致可筛选的表型，还可以基于荧光报告基因对合成sRNA功能进行替代验证。
作者：Michel Brueck, Bork A. Berghoff and Daniel Schindler
论文ID：2304.14932
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2023-05-01