MIK2是菊苣（菊科聚合叶菊）自交不亲和（SSI）的S-基因候选基因
摘要：菊苣属为研究孢子体自交不亲和性（SSI）系统提供了独特的机会，由高效的SI（菊苣）和完全自交相容性（苦苣）组成的物种群为其特点。菊苣基因组被用于定位7个已知的SSI位点相关标记。S位点所在区域限制在染色体5上的4M bp窗口内。在该区域中预测的基因中，MDIS1相互作用受体样激酶2（MIK2）作为SSI的候选基因表现出潜在的特性。它在拟南芥中的同源基因涉及花粉柱子识别反应，并且其蛋白质结构与油菜属中SSI的关键成分S受体激酶（SRK）相似。在菊苣和苦苣的样品中测序MIK2揭示了两种对比情况。在苦苣中，MIK2即使在不同植物品种（光滑和卷曲）之间也完全保持一致。在菊苣中，比较来自同一植物品种（红莴苣）不同生物型的样品时，鉴定出387个SNP和3个INDEL。基因中的SNP分布不均匀，在富含LRR的胞外区域中的高变性区域中优先定位，被推测为受体结构域。该基因被假设处于正选择之下，因为非同义突变数量是同义突变数量的两倍（dN / dS = 2.17）。分析MIK2启动子的前500 bp发现了类似的情况：苦苣样品中未观察到SNP，而菊苣样品中检测到44个SNP和6个INDEL。需要进一步的分析来确认MIK2在SSI中的作用，并证明CDS的23个物种特异非同义SNP和位于启动子一个CCAAT盒区域的物种特异10个bp INDEL是否导致了这两个物种之间对性繁殖行为的对比差异。
作者：Fabio Palumbo, Samela Draga, Gabriele Magon, Giovanni Gabelli, Alessandro Vannozzi, Silvia Farinati, Francesco Scariolo, Margherita Lucchin, and Gianni Barcaccia
论文ID：2304.06410
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2023-04-14