构象变化对表面等离子共振信号的贡献是什么？
摘要：表面等离子共振（SPR）基生物传感器是广泛用于表征分子相互作用的仪器。从理论上讲，SPR信号仅取决于相互作用的化学性质相同的分子的质量变化。相互作用分子的构象变化是否也对SPR信号有贡献仍存在激烈的争议。已经发表的研究声称检测到了构象变化，但并没有仔细考虑所有对SPR信号的贡献因素，并且通常没有使用正确的对照实验。在本研究中，我们使用了一个非常良好表征的寡核苷酸，即凝血酶结合的DNA适配体（TBA），在钾离子结合后会折叠成两个G-四聚体反平行G-四链结构。实验评估了对最大预期SPR响应（Rmax）的所有贡献因素，特别是双方的折射率增量（RII）和固定化TBA靶点的可用比例（ca）。然后将得到的Rmax与钾离子结合到TBA时的最大实验SPR响应进行比较，使用适当的对照实验。无论 RIIs 如何通过SPR或折射计测量，以及考虑与钾离子相互作用的可用TBA的数量如何，理论和实验SPR响应永远不匹配，前者始终低于后者。因此，通过使用直接的实验模型系统并充分考虑所有贡献因素，我们得出结论：构象变化确实可以对测得的SPR信号贡献。
作者：Daniel Dobrovodsk''y (IBP / CAS, MUNI), Carmelo Di Primo (UB, ARNA)
论文ID：2304.05063
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2023-04-12