RNAprofiling 2.0：结构集群分析的增强版本
摘要：理解RNA序列的碱基配对揭示了其分子结构的洞见。通过挖掘次优抽样数据，RNAprofiling 1.0识别了低能量二级结构中的主要螺旋作为特征，将它们整理成分割Boltzmann样本的profile，并以图形形式突出显示了最具信息性的profile的关键相似性/差异。版本2.0改进了这种方法的每一步。首先，特征子结构从螺旋扩展到茎。其次，profile选择包括类似于特征配对的低频配对。同时，这些更新将方法的效用扩展到长度为600的序列，通过对大型数据集进行评估。第三，关系被可视化为决策树，突出显示最重要的结构差异。最后，这种聚类分析以可移植格式作为交互式Web页面提供给实验研究人员，使他们更加深入地了解不同可能的碱基配对组合之间的权衡。
作者：Forrest Hurley and Christine Heitsch
论文ID：2303.15552
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2023-03-29