关于逆推和机器进化的一则注解
摘要：生物分子间的通讯要求分子系统中各部分的相互作用充当信息传输的支架。它还需要一个不断发展和有组织的标识系统，以创建和传输含义。在这里，我探讨了使用反演方法来剖析生物分子通讯的需要，该方法根据当前的信息来推断过去的信息。虽然时间的流逝限制了反演的解释能力，但生物学中分子结构的使用可以抵消信息的磨损。这使得可以描述RNA和蛋白质结构和功能创新逐渐演化的过程。由此产生的年表还可以描述越来越复杂和具有计算能力的分子机器的逐渐崛起。例如，可以追踪rRNA亚结构和核糖体蛋白在时间上的变化，并将其放置在地质时间尺度内。系统发生学、算法和理论启发的累积模型可以与一致的进化模型相协调。值得注意的是，酶、功能性RNA、非核糖体肽合成酶复合物（NRPS）和核糖体的起源时间表明它们逐渐攀升到了乔姆斯基的形式语法层次，支持了分子生物学中机器和通讯的逐渐复杂化。未来的反演方法和对计算理论模型的深入探索将需要验证这种进化进程。
作者：Gustavo Caetano-Anoll''es
论文ID：2303.14590
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2023-03-28