胰腺导管腺癌中枢基因和通路识别的生物信息学研究
摘要：利用生物信息学的方法，本研究旨在发现与胰导管腺癌（PDAC）患者相关的生物标志物。本研究使用GEO数据库中的基因微阵列数据集GSE28735、GSE15471和GSE62452，包括153个PDAC样本和145个正常样本。通过分析Gene Ontology（GO）和Kyoto Encyclopedia of Genes（KEGG），筛选差异表达基因（DEGs），并获得其生物学功能信息。使用Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes数据库（STRING）对DEGs进行蛋白质相互作用（PPI）分析，并通过Cytoscape进行可视化。另外，还使用UALCAN进行预后分析。在胰导管腺癌中，发现了2264个上调的DEGs（uDEGs）和723个下调的DEGs（dDEGs）。Gene Ontology（GO）分析显示，胰导管腺癌的uDEGs富集于细胞外基质组织、细胞外结构组织、胶原酶降解过程，并且通过KEGG分析发现富集于focal adhesion，PI3K-Akt信号通路和ECM受体相互作用。从PPI网络中确定了十个重要基因：COL1A1、COL3A1、COL1A2、FN1、COL5A2、ITGA3、FBN1、MET、COL6A3和BGN。根据GEPIA研究，这10个重要基因在胰导管腺癌中高度上调。对这10个重要基因进行的UALCAN预后分析表明，ITGA3和MET两个基因明显缩短了PDAC患者的生存时间。通过PPI网络的模块分析发现，胰导管腺癌与focal adhesion、PI3K-Akt信号通路和ECM受体相互作用相关。本研究发现了重要的基因和信号通路，增加了我们对分子机制的认识，并可作为胰导管腺癌的诊断和治疗生物标志物的应用。
作者：Atefeh Akbarnia Dafrazi, Tahmineh Mehrabi, Fatemeh Malekinejad
论文ID：2303.14440
分类：Molecular Networks
分类简称：q-bio.MN
提交时间：2023-03-28