诱导序列上的广义度量的矩阵
摘要：序列比较是捕捉两个或多个符号序列之间相似性和差异的基本任务，具有诸如计算生物学等无数应用。对齐是一种比较序列的方式，其中给定的评分函数确定它们之间的相似程度。许多评分函数来自评分矩阵。然而，并不是所有的评分矩阵都能够引出评分函数是距离的，因为评分函数不一定是度量。在这项工作中，我们确定了评分矩阵引出加权编辑距离的每个度量属性的必要和充分条件。对于那些引出归一化编辑距离的子集的评分矩阵，我们还对引出归一化编辑距离的每个评分矩阵类进行了描述。此外，我们定义了扩展编辑距离，它考虑了一组编辑操作，将一个序列转换为另一个序列，而不考虑它们是否存在通常的对应对齐来表示，描述了一种找到权重最小的编辑操作序列的准则。类似地，我们确定了引出扩展编辑距离的评分矩阵类，并确定了它们满足度量属性的情况。
作者：Eloi Araujo, F''abio V. Martinez, Carlos H. A. Higa and Jos''e Soares
论文ID：2303.08725
分类：Discrete Mathematics
分类简称：cs.DM
提交时间：2023-03-16