来自树对称性的系统基因组模型
摘要：基于物种树的基因组序列演化模型应该包含序列替代过程和合并过程，因为不同位点可能在不同基因树上演化，这是由于不完全谱系保留导致的。Chifman和Kubatko开展了这些模型的研究，从而推动了SVDquartets物种树推断方法的发展。一个关键观察是超度量物种树中的对称性导致了物种之间碱基的联合分布中的对称性。在本研究中，我们更充分地探讨了这种对称性的影响，定义了新的模型，仅包含此分布的对称性，而不考虑可能产生它们的机制。这些模型因此是许多标准模型的超级模型，具有机械参数化。我们研究了这些模型的系统发育不变量，并利用它们确定了物种树拓扑的可辨认性。
作者：Elizabeth A. Allman, Colby Long, John A. Rhodes
论文ID：2303.07383
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2023-03-15