不同版本的SignalP和TargetP在ASAFind中对硅藻质体蛋白预测的比较
摘要：使用2015年发表的ASAFind方法，可以高度敏感和特异地预测硅藻和相关藻类的质体靶向蛋白。ASAFind预测依赖于内质网（ER）靶向信号肽的SignalP预测。最近（2019年）发布了SignalP的新版本，SignalP 5.0。我们测试了SignalP 5.0识别核编码的质体靶向硅藻前蛋白的信号肽及其切割位点的能力。结果与手动预测的特征切割位点基序以及SignalP的以往版本进行了比较。在这一特定任务中，SignalP 5.0较以前的版本对于信号肽识别较少敏感，也较难以检测到硅藻中非质体蛋白的信号肽。然而，与ASAFind结合使用，对质体蛋白的预测性能很高。此外，我们还测试了多定位预测工具TargetP在提供信号肽信息给ASAFind方面的适用性。最新版本的TargetP，即TargetP 2.0，在与SignalP和TargetP的其他版本相比，对于硅藻信号肽和线粒体转运肽具有最高的预测性能，因此为ASAFind的预测提供了良好的基础。
作者：Ansgar Gruber (1), Cedar McKay (2), Gabrielle Rocap (2), Miroslav Oborn''ik (1 and 3) ((1) Biology Centre, Institute of Parasitology, Czech Academy of Sciences, (2) School of Oceanography, University of Washington, (3) University of South Bohemia)
论文ID：2303.02509
分类：Subcellular Processes
分类简称：q-bio.SC
提交时间：2023-03-07