复杂类囊泡藻类及其他藻类中多类胞内蛋白定位预测：ASAFind 2.0
摘要：具有复杂红藻起源质体的硅藻和相关藻类细胞高度分隔。这些质体被四个包膜膜所包围，它们还定义了质体间间隔（PPC），即第二和第三膜之间的空间。PPC对应于复杂质体的原生质。代谢反应以及细胞生物学过程发生在这个间隔中；然而，它的确切功能仍然不清楚。以及黑质体蛋白质的基因组广泛explorations圣通，但直到现在，没有自动预测PPC蛋白质的方法。在这里，我们介绍了质体蛋白质预测器ASAFind的更新版本，包括可选的PPC蛋白质预测。新的ASAFind版本还接受SignalP（5.0）和TargetP（2.0）输入数据的最新版本的输出。此外，我们发布了一个Python脚本，用于计算自定义评分矩阵，以调整ASAFind方法以适应其他藻类群体，并包含在简化的评分截断模式中运行预测的选项。
作者：Ansgar Gruber (1,2), Cedar McKay (3), Miroslav Oborn''ik (1,2), Gabrielle Rocap (3) ((1) Biology Centre, Institute of Parasitology, Czech Academy of Sciences, Czech Republic, (2) Faculty of Science, University of South Bohemia, Czech Republic, (3) School of Oceanography, University of Washington, United States of America)
论文ID：2303.02488
分类：Subcellular Processes
分类简称：q-bio.SC
提交时间：2023-03-07