指标分析：一种理解信号传导的方法及其在EGFR信号通路中的应用
摘要：大规模动力学模型被用于系统生物学和药理学中，以研究系统对特定输入或刺激的动态响应。尽管在许多应用中，更深入地理解输入-响应行为非常重要，但由于分子物种数量庞大和相互作用的复杂性，常常受到限制。因此，一种能够识别给定输入-响应关系的关键分子物种并表征状态的动态特性的方法非常重要。我们引入了指数分析的概念，它基于不同的时间和状态相关量（指标）来识别分子物种的重要动态特性。所有指标都针对特定的输入和响应变量以及输入的特定数量定义。在应用于EGFR信号级联的大规模动力学模型中，我们确定了信号传导的不同阶段，以及信号激活过程中磷酸酶3和信号启动过程中Ras再循环的特殊角色。此外，我们还讨论了基于敲除模拟研究解释分子物种重要性的挑战和陷阱，并提供了关于EGFR下游并行通路重要性冲突结果的替代观点。我们预计指数分析将有助于比较不同模型场景（例如健康和疾病条件）、设计更明智的模型简化方法，并将大规模系统生物学模型从药物发现和开发的早期转化到晚期。
作者：Jane Kn"ochel, Charlotte Kloft, Wilhelm Huisinga
论文ID：2302.08815
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2023-02-20