分子动力学能用于模拟生物分子识别吗？
摘要：通过实验研究生物化学中存在许多难题。模拟方法由于能直接获取随时间变化的原子坐标而具有吸引力。然而，由于系统的规模和描述相关运动所需的时间尺度，直接的分子模拟存在挑战。理论上，增强采样算法可以帮助克服分子模拟的某些限制。在这里，我们讨论了一种在生物化学中具有显著挑战的增强采样方法，并且这种方法可以用于比较使用机器学习寻找合适的集体变量的不同方法。更具体地说，我们研究了LacI在从非特异性结合到特异性结合DNA的转化过程中经历的转变。发现在这种转变过程中许多自由度发生了变化，并且如果只对这些自由度的子集进行偏置，模拟中转变将不会可逆。我们还解释了为什么这个问题对生物学家如此重要，以及对DNA调控理解的模拟的转化影响。
作者：Malin Luking, David van der Spoel, Johan Elf and Gareth A. Tribello
论文ID：2302.07582
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2023-05-24