明确表达对原核生物基因组内容的期望
摘要：对于原核生物基因组的测序、组装和注释变得越来越简单和廉价。因此，对于新基因组与相关生物的比较基因组学分析变得越来越可行和有趣。相关生物可以根据不同的标准进行定义，如分类或表型。 对于基因组的内容期望通常在描述一组生物的科学文章中提到。当一个新的基因组可用时，评估这些期望需要分析表达这些期望的文本片段，提取文本的逻辑要素，并实现更适合进一步自动化分析的形式表达。 在这里，我们提出了一个理论框架，以及关于表达基因组内容期望的实际考虑，旨在促进这种比较基因组学分析。该框架的组成部分包括一个用于定义生物群体的系统，由原核生物群体类型本体支持，一个用于定义基因组内容的系统，由原核生物基因组内容定义本体支持。最后，我们讨论了这两个系统的组合如何能够明确定义基因组内容的绝对和相对期望规则。
作者：Giorgio Gonnella
论文ID：2302.02919
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2023-05-08