阈值无关过滤的元分析操作（MOTiF）揭示三体细胞组中亚阈值基因组稳健性
摘要：三体染色体症是一种常见的有丝分裂异常，细胞拥有某一特定染色体的额外副本，与癌症呈高相关。对由有丝分裂异常引起的细胞效应进行的不同主机、细胞系和实验室的研究产生了冲突的结论，范围从小范围混乱的全局变化到整体染色体上过度表达或欠表达的大范围实例。我们确定冲突的研究结果可能是正确的，但由于使用阈值不慎而错过了全面的真相。为了纠正这个缺陷，我们引入了元分析阈值独立过滤（MOTiF）方法，该方法首先提供了所有阈值的全景视图，通过转换数据消除已知机制所导致的效应，然后重新构建基准和未经表征效应之间差异的解释机制。作为概念证明，我们将MOTiF应用于人结肠上皮细胞，发现基因表达水平在全基因组范围内均匀降低，尽管显著性低于大多数常见阈值。使用Hi-C数据，我们确定了结构性相关性，即物理遗传结构在全基因组范围内均匀凝结和压缩，我们假设这是一种对抗染色体额外增加的鲁棒性机制。我们能够将基因表达变化分解为三种重叠的机制：原始染色体内容，基因组分区化和全局结构凝聚。虽然还需要进一步研究来证实假设的鲁棒性机制，但MOTiF在基因表达及其他领域提供了一个有用的元分析工具。
作者：Roy Siegelmann and Hava Siegelmann
论文ID：2302.00772
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2023-02-03