细胞外囊泡的蛋白质共富集分析
摘要：细胞外囊泡（EVs）携带细胞源性蛋白质，赋予其功能性和选择性的细胞摄取。然而，蛋白质是随机包装还是在单个EVs中共富集，并且在稳态和疾病下共富集波动，尚未得到测量。EVs丰度和蛋白质全局相对表达已通过批量分析进行鉴定。与此同时，共富集不能直接通过批量测量获得，并且未报告单个EV分析中的共富集。在这里，我们引入了归一化共富集指数（NICE）来测量蛋白质的共富集。通过（i）基于膜结合蛋白质的表达捕获EVs，（ii）在群体水平上检测第二个蛋白质的共表达 - EV完整性确保检测到单个EV的共表达而无需解析单个EVs - 和（iii）使用两个通用归一化探针对测量值进行归一化来导出NICE。公理地，NICE = 1表示随机包含或无整体共富集，而对于正共富集和负共富集NICE>1或NICE < 1。我们量化了8种不同转移潜力和器官特异性的乳腺癌细胞系的EVs中tetraspanins，生长因子受体和整合素的NICE，联合映射了多达104对蛋白质。我们的分析揭示了与以前的研究结果一致的蛋白质富集和共表达模式。对于器官特异性细胞系，大多数蛋白质对在EVs上共富集，大多数NICE值在0.2到11.5之间，并且范围从0.037到80.4。中位数NICE根据细胞而定，要么是负值，中性或正值。NICE分析可以很容易地进行多重化，与微阵列，珠状物和单个EV分析兼容。还需要进一步的研究来深化我们对NICE在研究和临床应用中的潜力和意义的理解。
作者：Molly L. Shen, Zijie Jin, Rosalie Martel, Andreas Wallucks, Lucile Alexandre, Philippe DeCorwin-Martin, Lorenna Oliveira Fernandes de Araujo, Andy Ng, David Juncker
论文ID：2301.04051
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2023-05-19