从树状图中通过对齐谱系分类字符串推断系统发育网络的快速可扩展方法
摘要：重建系统发生网络是系统发生学和基因组进化中的一个重要而具有挑战性的问题，因为系统发生网络的空间非常庞大，无法很好地进行抽样。解决这个问题的一种方法是解决最小系统发生网络问题，首先推断出系统发生树，然后计算出显示所有树的最小系统发生网络。该方法利用了系统发生树理论成熟，并且有很好的工具可以从大量生物分子序列推断系统发生树的事实。树子网络是满足每个非叶节点至少有一个入度为1的子节点的系统发生网络。在这里，我们开发了一种通过对系统发生树中的谱系分类串进行对齐来推断最小树子网络的新方法。这种算法创新使我们能够绕过现有的系统发生网络推断程序的局限性。我们的新程序名为ALTS，足够快速地推断出具有大量覆盖率的树子网络，仅需约15分钟的时间即可处理多达50个系统发生树和50个分类单位的集合，其中只有微不足道的共同类群。
作者：Louxin Zhang, Niloufar Abhari, Caroline Colijn, Yufeng Wu
论文ID：2301.00992
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2023-04-14