COGEDAP：一个全面的基因组数据分析平台
摘要：大规模基因组研究中的非共享敏感数据的收集和分析是复杂的。由于不同的操作系统、软件依赖和运行软件，安装软件会耗费大量时间。因此，更简便、更标准化、自动化的协议和平台可以是克服这些问题的解决方案。我们利用软件容器技术开发了一种基因组数据分析的解决方案。该平台名为COGEDAP，其中包含了不同的软件工具，这些工具通过相关的管道和指令放置在Singularity容器中，用于执行基因组关联研究（GWAS）和其他基因组数据分析。用户可以使用一个Python编写的辅助脚本来获得自动生成的脚本，以便在高性能计算（HPC）系统和个人计算机上进行所需的分析。通过运行这些自动生成的脚本和软件容器，可以进行分析。辅助脚本还对输入/输出数据进行微小的重新格式化，以便最终用户可以使用统一的文件格式进行操作，而不管使用哪种基因软件进行分析。COGEDAP正在被来自不同国家/项目的用户积极使用，进行基因组数据分析。由于该平台，用户可以轻松进行GWAS和其他基因组分析，而不需要花费过多的精力在软件安装、数据格式和其他技术要求上。
作者：Bayram Cevdet Akdeniz, Oleksandr Frei, Espen Hagen, Tahir Tekin Filiz, Sandeep Karthikeyan, Joelle Pasman, Andreas Jangmo, Jacob Bergsted, John R. Shorter, Richard Zetterberg, Joeri Meijsen, Ida Elken Sonderby, Alfonso Buil, Martin Tesli, Yi Lu, Patrick Sullivan, Ole Andreassen, Eivind Hovig
论文ID：2212.14103
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2023-01-02