SPRINT：一种用于重构多倍体数据集的进化历史的快速新软件工具
摘要：多倍化是一种重要的进化过程，影响着从植物到鱼类和真菌等各类生物。多倍化遗留下的信号是一种物种的倍性水平（细胞中完整染色体组的数量），这在本质上是非树状的。目前可用于重建多倍化数据集的进化历史的工具通常从感兴趣数据集获得的多标签树开始，然后以一种反映过去的方式从该树导出一个（系统发生）网络，通过将网络的入度至少为2的顶点解释为多倍化事件。由于获取这样的树可能是计算上昂贵的，因此至关重要的是提供其他方法，可以揭示多倍化数据集的交织进化历史。SPRINT旨在根据二进制网络重建多倍化数据集的进化历史，该网络实现了数据集的倍性配置文件（数据集分类的倍性水平向量），并需要最少数量的多倍化事件。它通过将物种x的倍性水平表示为从网络根到以x标记的网络叶子的有向路径数量来实现。SPRINT可在GitHub上下载：https://github.com/lmaher1/SPRINT。
作者：Liam J. Maher, Taoyang Wu and Katharina T. Huber
论文ID：2211.04843
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2022-11-10