真核生物中转录组的复杂性
摘要：基因组复杂性是进化领域的一个新兴领域，有关模型和新兴非模型系统的比较进化分析的案例研究越来越多。理解复杂性和基因组的功能组成是一个未开发的丰富知识源，值得探索。由于基因组大小和复杂性之间的“显著差异”，需要一种方式来量化不同生物体间的复杂性。在这项研究中，我们使用一组复杂性指标来评估使用TranD的复杂性变化，并确定复杂性在转录组水平上如何变化。我们在这项研究中定义了三个指标——TpG、EpT和EpG，用于量化转录组的复杂性，涵盖了选择性剪接动态的过程。我们比较了三个复杂性指标：1）整个基因组注释，2）经筛选的同源基因子集，和3）新基因，以阐明同源基因和新基因在转录组分析中的影响。我们还从Hong等人的2006年的研究中得出了一个指标——有效外显子数（EEN），用于将转录本中外显子尺寸的分布与均匀外显子放置的随机期望进行比较。EEN考虑了外显子尺寸的差异，这一点很重要，因为新基因在同源基因和整个转录组分析中的复杂性差异偏向于具有少量外显子和少量可选择转录本的低复杂性基因。通过我们的指标分析，我们能够更精确、准确地实施不同谱系间复杂性的变化，比之前的同源基因比较更加准确。这些分析代表着在新兴的非模型演化基因组学领域中对整个转录组分析的进一步发展，为生命树上深时标复杂性变化的进化推断提供了重要见解。我们建议一种方法来量化同源基因召回产生的偏见，并纠正适用于特定谱系影响的复杂性分析。通过这些指标，我们可以直接测定在转录组中降低复杂性时新形成的特定谱系特异性基因的定量特性。
作者：James E. Titus-McQuillan, Adalena V. Nanni, Lauren M. McIntyre, Rebekah L. Rogers
论文ID：2211.02546
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-11-07