调节双体检测方法在单细胞RNA测序数据中的超参数
摘要：单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中存在双体现象给下游数据分析带来了巨大的挑战。已经开发了计算双体检测方法来删除scRNA-seq数据中的双体。然而，这些方法的默认超参数设置可能无法提供最佳性能。在本文中，我们提出了一种策略来调整先进的双体检测方法的超参数。我们利用全因子设计来探索超参数与16个真实scRNA-seq数据集的检测准确性之间的关系。最优超参数是通过响应面模型和凸优化获得的。我们展示了在不同生物条件下，最优超参数在各种scRNA-seq数据集中提供了最佳性能。我们的调参策略可以应用于其他计算双体检测方法。它还为scRNA-seq数据分析中更广泛的计算方法的超参数调优提供了洞见。
作者：Nan Miles Xi and Angelos Vasilopoulos
论文ID：2211.00772
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2023-02-07