重复文本集合上的MEMs计算
摘要：计算大规模重复文本集合上给定模式$P[1..m]$的最大精确匹配（MEMs）问题，其中文本集合$T[1..n]$表示为大小为$g_{rl}$的（希望较小）RLCFG。我们证明该问题可以在$O(m^2 log^\epsilon n)$的时间内解决，其中$\epsilon>0$为任意常数，数据结构的大小为$O(g_{rl})$。此外，在大小为$O(deltalogfrac{n}{delta})$的局部一致语法上，时间可以减少到 $O(mlog m(log m + log^\epsilon n))$。这里$delta$是$T$的子字符串的复杂度的函数，$Omega(deltalogfrac{n}{delta})$是重复文本$T$的可压缩性的紧密下界，因此我们的结构在$n$和$delta$方面的大小是最优的。我们将结果扩展到找到至少出现$q$次的$q$-MEMs问题。
作者：Gonzalo Navarro
论文ID：2210.09914
分类：Data Structures and Algorithms
分类简称：cs.DS
提交时间：2023-08-10