MVP：检测基序生成和破坏突变
摘要：DNA、RNA和蛋白质序列的基序可以识别生物功能，如调控、DNA碱基修饰和分子结合等。这些基序的获得和丧失可能带来重要的后果。当比较序列时，仅分析个体变异体无法理解对这些位点的影响。只有将这些变异体与其相邻的序列和原始上下文一起考虑时，才能实现这一点。 结果：基序变异探针（mvp）进行了这种考虑，计算突变前后用户指定的序列基序的实例，并报告导致基序获得或丧失的结果。mvp可以对具有氨基酸变异数据的蛋白质进行类似分析。该软件可在https://lpcdrp.gitlab.io/mvp上免费使用，也可以使用conda软件包管理器安装。 结论：mvp的能力在于能够轻松搜索影响任何基序的变异体，并同时考虑相邻变异体，使其成为比较基因组学中不常用的多功能工具。
作者：Afif Elghraoui, and Faramarz Valafar
论文ID：2210.09842
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-10-19