可视化多物种合并树：在物种树内绘制基因树
摘要：在单个物种树内绘制多个基因树以可视化多物种同源树的问题。具体来说，物种树的绘制填充了一个矩形，其中每条边由一个较小的矩形表示，而基因树则以矩形分类树的形式绘制在物种树的绘制内部（即正交向下，每条边有一个拐角）。作为替代方案，我们还考虑了一种样式，即物种树的边缘宽度与给定的有效种群大小成比例。 为了获得可读的可视化效果，我们的目标是尽量减少基因树边缘之间的交叉数量。我们证明了平面实例可以在线性时间内识别，而一般问题是NP难的。因此，我们引入了两种启发式算法，并给出了一个整数线性规划（ILP）的表达式，以在指数时间内提供精确解。我们使用ILP来衡量启发式算法在实际问题实例上的质量。启发式算法给出了出乎意料地好的解，而ILP运行得出奇地快。
作者：Jonathan Klawitter, Felix Klesen, Moritz Niederer, Alexander Wolff
论文ID：2210.06744
分类：Discrete Mathematics
分类简称：cs.DM
提交时间：2022-11-01