自动多倍体、异源多倍体和具有水平弧线的系统发育网络
摘要：多倍化是一种进化过程，即物种获得了它完整染色体组的多个副本。它所留下的信号的网状性质使得系统发育网络成为重建受其影响的物种的进化过去的框架。进行这样做的主要策略是首先构建一个所谓的带标签的多样树，然后从中推导出这样的网络。因此，以下问题会出现：如果这样的树不能立即获取，那么关于过去可以说多少？通过将多倍化数据集视为一种我们称之为单倍化（级别）概况的向量，我们展示了，除其他结果外，总是存在一种呈串珠状的系统发育树形网络和额外的弧，以实现给定的多倍化概况。有趣的是，几乎所有这些附加弧的两个末端顶点可以被解释为在时间上共存，从而为我们的网络增加生物学的现实感，而这一特征通常不被系统发育网络所享有。此外，我们还表明，我们的网络可以被视为一种产生多倍化概况空间的生成器，这是类似于系统发育树空间的一个新概念，我们引入该概念以便能够比较实现同一多倍化概况的系统发育网络。我们以一个公开可用的Viola数据集为例说明了我们的发现。
作者：Katharina T. Huber and Liam J. Maher
论文ID：2210.05269
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2023-02-21