局部霍乱爆发的基因组和流行病学数据的一致性
摘要：霍乱仍然是全球健康威胁。了解霍乱在不同地点之间的传播方式对于合理、基于证据的干预和控制工作的设计至关重要。传统上，霍乱传播模型使用霍乱发病例数数据。最近，整个基因组序列数据定性地描述了霍乱的传播。整合这些数据流可能提供更准确的霍乱传播模型，但迄今为止尚未进行系统分析，比较传统的病例计数模型和基因组数据的强度动力学模型。在这里，我们使用1991年至1998年阿根廷霍乱流行期间的高保真病例计数和整个基因组测序数据，直接比较从这两个数据源估计的流行病学模型参数。我们发现，应用于霍乱基因组学数据的强度动力学方法提供了可比较的估计结果，并与已建立的方法相一致。我们的方法在建立整合病例计数和基因组数据源用于霍乱流行病学和其他细菌病原体的框架方面是一个关键的步骤。
作者：Mateusz Wilinski, Lauren Castro, Jeffrey Keithley, Carrie Manore, Josefina Campos, Ethan Romero-Severson, Daryl Domman, Andrey Y. Lokhov
论文ID：2210.01956
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2023-04-03