具有短程和长程相互作用的蛋白质异构聚合物的序列特异性相分离的解析公式和场论模拟
摘要：依托于随机相近似（RPA）和场论模拟（FTS）研究具有空间长程库仑相互作用的异質聚合物，本文建立了一种关于亲水性效果的模型，以研究无序蛋白（IDPs）的序列相关液液相分离（LLPS）现象。通过将短程效应建模成由互作用残基接触能的特征分解导出的多个非静电电荷之间的Yukawa相互作用，来模拟短程效应。通过不可压缩性约束提供链排斥体积。平均场近似导致了有效的Flory $chi$参数，并与RPA相结合，解释了氨基酸组成对LLPS的接触相互作用效应以及长程静电效应的序列模式影响，而基于该模型的FTS提供了短程和长程相互作用的完全序列依赖性。通过在几种不同的氨基酸相互作用方案以及一组具有相同组成的不同模型疏水-极性序列的背景下对天然IDP变体进行应用，说明了这种普适的方法。通过粗粒化明确链分子动力学模拟验证了该方法的有效性。
作者：Jonas Wess''en, Suman Das, Tanmoy Pal, Hue Sun Chan
论文ID：2209.04016
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2022-11-28