Caudoviricetes下噬菌体家族的分类：使用最新ICTV分类框架的工具综述
摘要：细菌噬菌体，也被称为感染细菌的病毒，是生物圈中最广泛和多样化的存在。越来越多的证据表明，它们在塑造各种微生物组结构中起着重要作用。由于（病毒）元基因组测序的出现，已发现了大量新的细菌噬菌体。然而，缺乏一个标准和自动的病毒分类流程，导致新病毒的分类严重滞后于测序努力。特别是根据最新版本的ICTV，以前的分类系统中的几个大型噬菌体家族被删除。因此，需要对新标准下的分类工具进行全面的评估和比较，以建立最新技术。在这项工作中，我们重新训练和测试了四种最近发表的工具。我们展示了它们的实用性，并在多个数据集上进行了测试，包括RefSeq、短连读、模拟的元基因组数据集和低相似性数据集。这项研究在不同情景下提供了一个细菌噬菌体家族分类的综述，并为选择适当的分类流程提供了实用指南。据我们所知，这是首次在新ICTV分类框架下进行的综述。结果表明，新的家族分类框架总体上导致更好保守的群组，从而使家族级别的分类更可行。
作者：Yilin Zhu and Jiayu Shang and Cheng Peng and Yanni Sun
论文ID：2209.01942
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-11-24