genomepy：你指尖上的基因和基因组
摘要：使用ATAC-, ChIP-或RNA测序等功能基因组学实验来分析需要参考数据，包括基因组组装和基因注释。这些资源通常可以从不同的组织和不同的版本中获得。大多数生物信息学工作流程要求用户手动提供基因组数据，这可能是一项繁琐且容易出错的过程。 在这里，我们介绍了genomepy，它可以搜索、下载和预处理适合分析的基因组数据。genomepy可以在NCBI、Ensembl、UCSC和GENCODE上搜索基因组数据，并比较可用的基因注释以做出明智的决策。选择的基因组和基因注释可以下载并使用合理但可控的默认设置进行预处理。还可以自动生成或下载其他支持数据，如比对指数、基因组元数据和黑名单。 genomepy在MIT许可证下免费提供，可通过pip或bioconda安装。
作者：Siebren Fr"olich, Maarten van der Sande, Tilman Sch"afers, Simon J. van Heeringen
论文ID：2209.00842
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-09-05